A Mega-Sena paga o prêmio principal a quem acertar os seis números sorteados. Quem acerta cinco ou quatro números também é premiado, mas com valores menores que os do prêmio principal. Não havendo acertador em qualquer faixa, o valor acumula para o concurso seguinte, na respectiva faixa de premiação.

Os prêmios prescrevem 90 dias após a data do sorteio. Após esse prazo, os valores são repassados ao Tesouro Nacional para aplicação no Fundo de Financiamento ao Estudante do Ensino Superior (Fies).